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　　商品凝膠是干燥的顆粒，通常以40~63um的使用多。凝膠使用前需要在洗脫液中充分溶漲一至數天，如在沸水浴中將濕凝膠逐漸升溫到近沸，則溶漲時間可以縮短到1~2小時。凝膠的溶漲一定要完全，否則會導致色譜柱的不均勻。熱溶漲法還可以殺死凝膠中產生的細菌、脫掉凝膠中的氣泡。

　　2、裝柱

　　由于凝膠的分離是靠篩分作用，所以凝膠的填充要求很高，必須要使整個填充柱非常均勻，否則必須重填。凝膠在裝柱前，可用水浮選法去除凝膠中的單體、粉末及雜質，并可用真空泵抽氣排出凝膠中的氣泡。購買商品中的玻璃或有機玻璃的凝膠空柱，在柱的兩端皆有平整的篩網或篩板。將柱垂直固定，加入少量流動相以排除柱中底端的氣泡，在加入一些流動相于柱中約1/4的高度。柱頂部連接一個漏斗，頸直徑約為柱頸的一半，然后在攪拌下、緩慢的、均勻地、連續地加入已經脫氣的凝膠懸浮液，同時打開色譜柱的毛細管出口，維持適當的流速，凝膠顆粒將逐層水平式上升，在柱中均勻地沉積，直到所需高度位置。拆除漏斗，用較小的濾紙片輕輕蓋住凝膠床的表面，再用大量洗脫劑將凝膠床洗滌一段時間。

　　3、柱均勻性檢查

　　凝膠色譜的分離效果主要決定于色譜柱裝填得是否均勻，在對樣本運行分離之前，對色譜柱必須運行是否均勻的檢查。由于凝膠在色譜柱中是半透明的，檢查方法可在柱旁放一至于柱平行的日光燈，用肉眼觀察柱內是否有“紋路”或氣泡。也可向色譜柱內加入有色大分子等，加入物質的分子量應在凝膠柱的分離范圍，如果觀察到柱內譜帶窄、均勻、平整，即說明色譜柱性能良好；如果色帶出現不規則、雜亂、很寬時必須重新裝填凝膠柱。

　　4、上樣

　　凝膠柱裝好后，一定要對柱用流動相運行很好的平衡處理，才能上樣。凝膠柱的上樣也是一個非常重要的因素，總的原則是要使樣本柱塞盡量的窄和平整。為了防止樣本中的一些沉淀物污染色譜柱，一般在上柱前將樣本過濾或離心。樣本溶液的濃度應該盡可能的大一些，但如果樣本的溶解度與溫度有關時，必須將樣本適當稀釋，并使樣本溫度與色譜柱的溫度一致。當一切都準備好后，這時可打開色譜柱的活塞，讓流動相與凝膠床剛好平行，關閉出口。用滴管吸取樣本溶液沿柱壁輕輕地加入到色譜柱中，打開流出口，使樣本液滲入凝膠床內。當樣本液面恰與凝膠床表面平時，再次加入少量的洗脫劑沖洗管壁。重復上述操作及此，每一次的關鍵是既要使樣本恰好全部滲入凝膠床，又不致使凝膠床面干燥而發生裂縫。隨后可慢慢地逐步加大洗脫劑的量運行洗脫。整個過程一定要仔細，避免破壞凝膠柱的床層。

　　5、沖洗

　　凝膠色譜的流動相一半多采用水或緩沖溶液，少數采用水與一些極性有機溶劑的混合溶液，除此之外，還有個別比較特殊的流動相系統，這要根據溶液分子的性質來決定。加完樣本后，可將色譜床與洗脫液貯瓶及收集器相連，設置好一個適宜的流速，就可以定量地分布收集洗脫液。然后根據溶質分子的性質選擇光學、化學或陶粒濾料學的方法運行定性和定量測定。

　　6、再生

　　因為在凝膠色譜中凝膠與溶質分子之間原則上不會發生任何作用，因此在一次分離后用流動相稍加平衡就可以運行下一次的色譜操作。但在實際應用中常有一定的污染物污染凝膠。對已沉積于凝膠床表面的不溶物可把表層凝膠曲調，在適當增補一些新的溶漲膠，并運行重新平衡處理；如果整個柱有微量污染，可用0.5molNaCl溶液洗脫。在通常情況下，一根凝膠柱可使用半年之久。

　　凝膠柱若經多次使用后，其色澤改變，流速降低，表面有污漬等就要對凝膠運行再生處理。凝膠的再生是指用恰當的方法除去凝膠中的污染物，使其恢復其原來的性質。交聯葡萄糖凝膠廠用溫熱的0.5mol/L氫氧化鈉和0.5mol/L的氯化鈉和混合液浸泡，用水沖洗到中性；而對于聚丙烯酰胺和瓊脂糖凝膠由于遇酸堿不穩定，則常用鹽溶液浸泡，然后用水沖到中性。

　　7、保存

　　經常使用的凝膠以濕態保存為主，為了避免凝膠床染菌，可加少許氯仿、苯酚或硝基苯等化學物質，它可以使色譜柱放置幾個月至一年。凝膠的干燥應先對凝膠運行浮選，除去細小的顆粒，并用大量水洗，除去鹽和污染物，然后逐步增加一春濃度使凝膠收縮，在60~80度干燥，在整個操作過程中的蒸餾水、器皿和房間必須干凈。瓊脂糖凝膠的干燥操作比較麻煩，并且干燥后還不容易溶張，所以一般仍以濕態保存為主。